Ағайындылар Триша обадан қайтыс болған кезде оны қайта тірілту үшін тыйым салынған алхимиялық техниканы ауыстырады. Нәтижесінде трансмутация кері әсер етеді және заң бойынша тең алмасу кезінде сол аяғы мен Альфонстың Эдуардтың бүкіл денесі бұзылады. Эдуард Альфонстың жанын құтқару үшін оң қолынан айырылып, оны сауытқа қан мөрімен байлайды. Рой Мустанг Эдуардты Мемлекеттік алхимик зерттеуге арналған Альфонстың денесін қалпына келтіру әдісі болуға шақырады. Эдуард жеңіске жетті, оның протездік аяқ-қолының аты бойынша Фулметал алхимигі болды.
Үш жылдан кейін Elrics өз мақсаттарын жүзеге асыру үшін аңызға айналған Философия тасын іздейді. Маркох өз жазбаларын өздері іздеу үшін жібереді, бірақ олар тасты құрбандыққа шалудың маңызды факторын біледі. Мустангтың досы Мэйз Хьюз өз зерттеулерін жүргізеді, бірақ Гомункулының стратегиясын тапқаны үшін жасырынған қызғанышпен атып өлтіріледі.
Изумимен бірге көрген Элрикс адамның трансмутуациясын оның өлі баласына жасағанын біледі. Алаяқтық гомункулы Сараңдық Альфонсты тұтқындады, бірақ оны Аместрис президенті Король Брэдли құтқарды, ол Гомункуль Гауза ретінде жұмыс істейді. Ашкөздік осылайша ериді және оны бастаушы Гомункулдың әкесі бойына сіңіреді. Уини мен Элрикс Хьюзге бару үшін орталық қалаға оралады, бірақ оның өткенін біледі. Лейтенант Мария Росс Хьюзді өлтіруге дайын, бірақ оны Мустанг өлтірген көрінеді. Алайда, Эдуард Росстың кетуі сахнаға шығарылғанын біледі, сондықтан оны Мустанг оны АҚШ-тан Синге алып кетуі мүмкін, оған Синьц князі Линг Яо көмектеседі. Хохенхаймды Эдуард қайта біріктірді, бірақ оны ұзақ уақыт бойы резиденцияда болмағандығы үшін жек көреді.
Оқиға алға жылжыған сайын, гомункулилерді кейіпкерлер бірнеше рет кездестіреді. Мустанг құмарлықты өлтіреді; Мустанг пен Линг ашкөздікті түсіреді, бірақ ол қызғанышты өзінің ішіне, ал Эдвард, Лингке ұқсайтын қарынға айналдырады. Ашкөздік Альфонсты әкеммен кездестіруге апарады, бірақ Линг басқалары ашкөздіктің құрсағынан қашып кеткенде, дәл сараңдықтың жаңа аватарына айналып, гомункулға айналады. Элриктер әкеге қарсы болмаса, іздеуді жалғастыру үшін босатылады.
Бриггстің астынан жерасты туннелін тапқан генерал Оливье Армстронг Әкем мен Элриксті тапты, ол ұлттық трансмутация тобын құрып келеді және өз азаматтарына құдайлыққа көтерілуге мүмкіндік беруді көздейді. Ашкөздік әкесі мен оның бұрынғы естеліктерін қалпына келтіріп, Кимбли Хохенхаймның химерлерінен кейінгі Эдвард пен бірге құрылды. Хохенгейм ұлдарына оның өлмейтіндігін, әкесі төрт жүз жыл бұрынғы тірі философ тасына айналғанын жеке-жеке айтады.
Уәде күні келеді, ал әкем күннің тұтылуымен және өзінің құрбандықтары ретінде адамның трансмутуациясын жасағысы келетіндермен өзінің стратегиясын бастауға дайындалып жатыр. Әр түрлі кейіпкерлер Әкемнің миноменттерімен қақтығысады, барлық гомункулилер аяқталады. Мәжбүрленген Мустангтан кейін, сондай-ақ Элрикс, Изуми, Хохенхайм жиналады, себебі әкем ұлттық трансмутацияны белсендіреді. Соған қарамастан Scar және Hohenheim аместриялықтарды қарсы шаралар арқылы құтқарады. Сараңдықты әкем құртады, бірақ әкем жер бетінде болса да, кейіпкерлер оның философиялық тасын кию үшін күреседі.
Альфонс, оның сауыты Әкеге қарсы соңғы қақтығыста бұзылған, оның рухы оң қолды қалпына келтіруге мүмкіндік береді, ал ол өз кезегінде Әкенің тасын бұзып, оны Эдуард Шындық қақпасына қайтарады. Эдуард жан мен Альфонстың денесін қалпына келтіру үшін алхимия жасау күшін жоғалтады. Хохенхайм қайтыс болған қабірді Тришаның күлімсіреуімен көреді.
